استفاده از نشانگرهای DNA برای تمایز گونه ها و سویه های طیور از دهه گذشته به سرعت در حال پیشرفت می باشد و تکنیک تکثیر تصادفی قطعات (RAPD) DNA با استفاده از آغازگرهای اختیاری کوتاه، DNA ژنومیک را تکثیر می کند و نوارهای الگوی اختصاصی فرد را حاصل می کند بدون اینکه نیازی به اطلاعات قبلی از ژنوم وجود داشته باشد. هدف از این تحقیق بررسی شباهت ها و فواصل ژنتیکی چهار گروه فنوتیپی جمعیت بوقلمون موجود در ایستگاه تحقیقات بوقلمون کشور با استفاده از نشانگرهای RAPD بود. نمونه های خون از 18 بوقلمون سفید، 16 بوقلمون طلایی، 24 بوقلمون الوان و 20 بوقلمون سیاه اخذ شد و DNA ژنومی از 25 میکرولیتر خون استخراج گردید. تکثیر قسمتهای مختلفی از ژنوم بوقلمون با استفاده از 15 آغازگر تصادفی انجام گردید. نتایج حاکی از وجود تشابه ژنتیکی از 0.94 تا 0.98 بین گروه های فنوتیپی بود. بیشترین فاصله ژنتیکی بین فنوتیپ های سفید و طلایی (0.06) و کمترین فاصله ژنتیکی بین فنوتیپ های سفید و سیاه (0.02) بدست آمد. بطور کلی با توجه به پارامترهای ژنتیکی محاسبه شده در گروههای تحت آزمایش، به نظر می رسد که جمعیتهای فنوتیپی ارزیابی شده از لحاظ ژنتیکی تشابهات زیادی با یکدیگر دارند و نمی توان عامل فنوتیپی رنگ را تنها معیار تمایز ژنتیکی آنها به حساب آورد. نتایج نشان داد که تکنیک RAPD-PCR می تواند به عنوان یک عامل وسیله مناسب برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در طیور مورد استفاده قرار گیرد.

تشخیص دقیق و مطمئن ژنوتیپ های گیاهی بخصوص درختان میوه در اجرای برنامه های اصلاحی و حفظ ذخایر ژنتیک اهمیت بالایی دارد. نشانگرهای RAPD از جمله روش های مولکولی مبتنی بر DNA است که بطور گسترده ای در انگشت نگاری ذخایر ژنتیک و مطالعه تنوع ژنتیک جوامع زیستی مختلف مورد استفاده قرار می گیرند. در این مطالعه با هدف تمایز ارقام مختلف گیلاس و ارایه نشانگرهای مولکولی مناسب، تنوع موجود در سطح DNA 10 رقمی ایرانی و دو رقم خارجی گیلاس با استفاده از 25 آغازگر 10 نوکلئوتیدی RAPD مورد بررسی قرار گرفت. تمامی آغازگرها توانستند مناطقی از ژنوم ارقام مورد مطالعه را تکثیر نمایند، که در این بین، 14 آغازگر توانستند 50 باند چند شکل را تکثیر نمایند. بالاترین چند شکلی توسط آغازگر UBC138 شناسایی شد در حالیکه بیشترین شاخص تنوع ژنتیک توسط آغازگر 0.82 (UBC7) تعیین شد. فاصله ژنتیک ارقام بر اساس شاخص فاصله بین 0.32 تا 0.88 محاسبه شد. تجزیه کلاستر با استفاده از روش UPGMA نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی بین ارقام شماره 4 و 10 و بیشترین فاصله بین ارقام 1 و 6 وجود دارد. کلیه ارقام بوسیله 12 نشانگر انتخاب شده کاملا از یکدیگر متمایز شدند. در این بین برای پنج رقم (شامل ارقام شماره 1، 2، 3، 5 و 6) نشانگرهای اختصاصی بدست آمد که هر یک بوسیله یک نشانگر اختصاصی قابل تشخیص بودند. تمایز هفت رقم دیگر نیز با استفاده از ترکیبی از نشانگرهای معرفی شده امکان پذیر شد.

به منظور ارزیابی تنوع درون و بین توده های بومی پیاز ایران، 20 توده بومی به همراه دو هیبرید با استفاده از نشانگرهای RAPD مورد مطالعه قرار گرفتند. بیست و شش اغازگر RAPD از 200 آغازگر مورد ارزیابی، 170 نوار چند شکل تولید کردند. تعداد کل نوارهای چند شکل در درون توده ها و هیبریدها از 66 تا 131 نوار متغیر بود و فاصله ژنتیکی بین انها بر اساس ضریب نی بین 0.037 تا 0.31 برآورد شد. میانگین تنوع ژنتیکی کل و درون توده ها و هیبریدها به ترتیب 0.341 و 0.234 و ضریب تمایز ژنی 0.31 برآورد شد. تنوع ژنتیکی درون توده ها و هیبریدها، با استفاده از شاخص ژنی نی در محدوده صفر تا 5. 0 برآورد شد. تجزیه واریانس مولکولی بر اساس مربع فاصله اقلیدسی تنوع معنی داری را در بین و درون توده های پیاز نشان داد ولی میزان واریانس بین ارقام (25.7%) نسبت به درون ارقام (74.3%) کمتر بود. بر اساس تجزیه خوشه ای، 22 رقم پیاز در چهار گروه قرار گرفتند. گروه بندی بر اساس داده های مولکولی انطباقی با گروه بندی جغرافیایی ارقام نداشت. در تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی، سه مولفه اول 52.29 درصد از تغییرات داده ها را توجیه کردند که نشان دهنده توزیع ژنومی مناسب نشانگرهای مورد استفاده بود.